Desde su constitución, el 24 de julio de 1936, hasta su extinción práctica, el 1 de octubre, la Junta sufrió varios cambios en su composición. Por decreto número 18, de 30 de julio, se incorpora como vocal el capitán de navío Francisco Moreno, nombrado al mismo tiempo jefe de la flota.

El 3 de agosto (decreto número 25) se nombra vocal a Francisco Franco.

Los decretos números 47 y 48, ambos de 18 de agosto, disponen la incorporación a la Junta de Germán Gil Yuste y el cese de Miguel Ponte, respectivamente.

Finalmente, con fecha 17 de septiembre son nombrados vocales Gonzalo Queipo de Llano y Luis Orgaz (decretos números 114 y 115). Así, pues, en el momento de su extinción la Junta de Defensa estaba compuesta por Miguel Cabanellas Ferrer, presidente, y los siguientes vocales: generales Saliquet, Mola, Dávila, Franco, Gil Yuste, Queipo de Llano y Orgaz; capitán de navío Francisco Moreno y coroneles Montaner y Moreno Calderón, jefe este último del estado mayor de Mola.

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